Seguindo uma idéia surgida no Congresso Internacional de Medicina do Trabalho em Viena (1966), um grupo que compareceu ao evento imaginou criar uma sociedade científica que reunisse todos os médicos do trabalho brasileiros. Desde a pequena participação do país no encontro realizado na Áustria, constatou-se a marginalização do Brasil junto à Associação Internacional de Medicina do Trabalho, o que pode ser explicado pela não obrigatoriedade legal, na época, dos serviços de MT em empresas brasileiras.
Somente a partir da legislação de 1972, que tornou obrigatória a existência de Serviços Especializados de Segurança e Medicina do Trabalho (Sesmt), registrou-se aumento da formação de médicos do trabalho, por meio dos cursos organizados pela Fundação Jorge Duprat Figueiredo de Segurança e Medicina do Trabalho (Fundacentro). Como conseqüência, as perspectivas para a recém-criada Anamt – fundada em 26 de março de 1968 – também cresceram. Nos anos seguintes, sua diretoria se dedicou a formar núcleos regionais, as chamadas Federadas, percorrendo os estados brasileiros e criando departamentos de MT em associações médicas. Uma semana após seu surgimento, a entidade foi reconhecida em ato oficial e registrada em cartório como Departamento Científico da Associação Médica Brasileira (AMB).
No ano em que foi fundada, a Associação enfrentou seu primeiro grande desafio: a realização do III Congresso Pan-Americano de Medicina do Trabalho, em Santos (SP), evento que contribuiu definitivamente para a consolidação da entidade. Foram inúmeras as viagens pelo Brasil, e ainda no mesmo ano os médicos fundaram o Departamento de Medicina do Trabalho da Associação Médica de Minas Gerais (Demetra).
A iniciativa de criação da Associação já deixava evidente seus efeitos diretos quanto à representatividade dos médicos de trabalho. Da pífia participação brasileira no congresso internacional de 1966 à presença dos mais de 140 profissionais no XVIII Congresso Internacional de Medicina do Trabalho em Brighton, na Inglaterra, passaram-se apenas nove anos.
